Chez la sterne arctique, les faces latérales de la tête et les joues sont plus blanches,
la calotte noire descend moins largement sur la nuque, les rémiges primaires ne portent pas les marques sombres d'usure
que l'on peut constater chez son homologue pierregarin...

C'est un oiseau très proche de la sterne pierregarin et sa différenciation est particulièrement difficile sauf dans de bonnes conditions d'observation. Toutefois, quelques critères morphologiques permettent de la distinguer,
en particulier son allure générale plus ramassée en raison de sa tête plus petite et arrondie.

Son bec est plus court, son corps assez allongé disposé sur des pattes d'une taille extrêmement modeste.